想了解新石器时代的稀有宠物，首先需要明确稀有通常与获取难度和强度挂钩，获取途径有限或培养要求高的宠物往往被视为稀有。稀有宠物的捕捉概率极低，有玩家反馈即使连续挂机捕捉数十小时，魅力值满额，也未必能遇到一只稀有宠物，这直接体现了其稀缺性。宠物的稀有等级越高，其获得的难度自然越大，这不仅体现在捕捉上，也体现在后续的培养资源投入上。
除了野外捕捉，完成特定的高难度任务是获得稀有宠物的重要途径。完成指定的守护兽任务后，玩家可以获得像黑乌力这样具备群体治疗能力的独特宠物。游戏内的限时活动也是稀有宠物的关键来源，例如在龙年主题活动中，玩家可以通过完成地龙年大作战等任务来获取限定版的年兽宠物，这类活动宠物通常外形独特且能力出众。部分贯穿剧情或探索的特殊任务，如卡坦的愿望，最终奖励可能是稀有的飞行坐骑宠物朵拉比斯。
宠物融合系统是高级玩家获取和打造稀有宠物核心手段。当玩家达到较高等级后，可以通过融合特定的宠物配方来创造新的稀有物种，例如狮子王贝依系。融合的成功率和最终生成宠物的成长值、属性，与作为材料的宠物资质评分直接相关，使用高成长、高评分的材料宠物，才有更高概率获得属性优异的稀有融合宠物。这个过程充满了策略性和随机性，是追求顶级稀有宠物的重要方式。
位于顶层的宠物往往兼具稀有性与强大实力。在强度排行榜中被列为T0级别的宠物，如乌力乌力、巴兰朵恩、利维坦等，通常都拥有难以替代的强势技能或机制，是阵容构建的核心。一些通过特定渠道获得的宠物也因其卓越性能而被广泛推荐，例如完成主线任务可获得的人气宠物摩卡，以及通过活动积累魂石兑换的威威，它们虽然获取方式相对明确，但因其强大的实战能力（如高频输出、驱散增益、群体治疗等）和从前期到后期的适用性，同样被视为值得重点投入的珍贵伙伴。
