水路的通过主要依赖冲浪技能和特定道具的配合。冲浪技能是游戏中的秘传机05，需击败特定道馆馆主后获得使用权限。该技能允许玩家在水面上移动，但需注意野生宝可梦的遭遇频率较高，建议提前准备回复道具。部分水域存在隐藏道具或特殊地形，需仔细探索。
部分水路区域设有障碍物或漩涡，需结合其他秘传技能解决。双子岛区域需使用怪力推动岩石改变水流方向，而灯火山附近的水路则需攀瀑技能才能抵达高处。这些技能通常需在主线流程后期获取，因此建议优先推进剧情以解锁关键能力。
游戏中存在多条关键水路，如连接枯叶市与浅红市的19号水路，以及通往红莲岛的20号水路。这些区域通常分布着高等级训练家，建议队伍中配置水属性或电属性宝可梦应对战斗。部分水路尽头藏有稀有宝可梦或进化石，例如乘龙常出现在19号水路的特定区域。
若需重复通过长距离水路，可善用飞行技能快速返回邻近城市。部分岛屿间的水路需依赖船票或剧情解锁的渡船服务，如圣安奴号事件后开启的七岛航线。游戏后期获取的喷雾剂可暂时降低野生宝可梦遭遇率，适合快速穿越复杂水域。
探索隐藏区域时需注意潮汐变化或时间机制。红莲岛右侧的子岛仅在退潮时显露入口，而部分遗迹水域需在特定时间段使用潜水技能进入。此类设计需结合游戏内提示或NPC对话获取线索。
建议携带具备高速度或先制技能的宝可梦应对突发战斗，同时学习清除浓雾技能可避免迷路。游戏中期获取的探宝器能辅助定位水下隐藏道具，进一步提升探索收益。
